1990年12月,在福建省莆田市涵江區(qū)設立“冶金工業(yè)部第二地質勘查局地質礦產研究所”。
1994年集中歸并了原分散在二局一、二、三、四隊和地質礦產研究所的主要地勘技術人員、地質資料-礦權資產,組建“冶金工業(yè)部第二地質勘查局地質礦產開發(fā)院 ”,院部設在原“冶金工業(yè)部地質勘查總局二局地質礦產研究所”所在地:福建莆田市涵江區(qū)。
2001年8月,冶金工業(yè)部第二地質勘查局地質礦產開發(fā)院和冶金工業(yè)部第二地質勘查局地質礦產研究所合并后更名為“中國冶金地質勘查工程總局第二地質勘查院”。
2006年9月,經國務院國資委批準,“中國冶金地質勘查工程總局”更名為“中國冶金地質總局”,我院作為下屬單位名稱相應變更為“中國冶金地質總局第二地質勘查院”。